Los impactos medioambientales que deben considerarse dentro de la producción y comercialización de chocolate son diferenciados en cada una de las etapas de la cadena de valor. En la etapa de cultivo de cacao se han identificado como los principales impactos al ambiente la deforestación que conlleva la plantación monocultivo del cacao y, con ello, la pérdida de la biodiversidad en los entornos donde se depredan superficies forestales (Wessel & FolukeQuist-Wessel, 2015; GarcíaHerrero, De Menna, & Vittuari, 2019; Kroeger, Bakhtary, Haupt, & Streck, 2017). Además, se estima que la fase de transformación de cacao en cualquier beneficio es la que más energía requiere, ya que entre un 6 % y un 28 % del impacto ambiental de la cadena de valor se destina en este proceso (Miah, y otros, 2018).
Por último, dentro de la cadena de valor del chocolate, se consideran también los impactos ambientales en el transporte y traslado de chocolate o sus derivados a los mercados finales, así como la etapa de empaquetado de los productos.

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En el Mapa 44 se muestran los metros cúbicos de agua consumidos en el año 2019 por las unidades económicas manufactureras en los municipios que integran el clúster seleccionado para el SEAE. El mayor consumo (décimo más alto del país) lo tiene el municipio de Chihuahua, con casi 32 millones de metros cúbicos. Después están Delicias, con más de 2 millones, y Cuauhtémoc, con más de 1 millón.
El resto de los municipios presenta consumos por debajo de los 100 000 m3, siendo el más bajo el de Gran Morelos. Cabe señalar que, según datos de la Conagua todos los municipios de este clúster tienen un grado alto de estrés hídrico.
En cuanto a los impactos ambientales del proceso de vainilla y sus beneficios, el tema está menos documentado. Esto debido a que mucha de su producción es a pequeña escala. Sin embargo, cabe mencionar la necesidad de realizar estudios diagnósticos sobre el impacto ambiental derivado de la producción de vainilla y toda su cadena de valor.
Aunque el presente diagnóstico no considera explícitamente todos los elementos ambientales para el desarrollo sustentable del SEAGRO en México, se parte de una premisa de incentivos para la innovación en ciencias agropecuarias y forestales que puedan promover acciones de producción sustentable de cacao y vainilla, así como la mitigación de emisiones en sus procesos productivos.