Cada grupo de trabajo está copresidido por un funcionario de alto nivel  de la secretaría/ministerio responsable de México y Canadá. Algunos grupos también cuentan con un copresidente del sector privado que representa los intereses de los sectores económicos de cada país. Los nueve grupos de trabajo son:

• Agronegocios
• Bosques
• Capital humano
• Comercio, inversión e innovación
• Energía
• Medio ambiente
• Minería
• Movilidad laboral
• Cultura y creatividad

La diversidad de las instituciones de las que proceden los co-presidentes de los grupos de trabajo ilustra la amplitud de los intereses en torno a la AMC.

Por México, los copresidentes de los grupos de trabajo proceden de las siguientes dependencias y entidades: Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE), Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), Secretaría de Energía (SENER), Secretaría de Economía (SE), Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA), Secretaría de Trabajo y Previsión Social (STPS), Secretaría de Cultura, Comisión Nacional Forestal (CONAFOR), Consejo Nacional Agropecuario (CNA) y Consejo Empresarial Mexicano de Comercio (COMCE).

Por Canadá, los copresidentes de los grupos de trabajo provienen de las siguientes instituciones: Ministerio de Asuntos Globales (GAC), Ministerio de Inmigración, Refugiados y Ciudadanía (IRCC), Ministerio de Recursos Naturales (NRCan), Ministerio de Agricultura y Agroalimentación (AAFC), Ministerio de Medio Ambiente y Cambio Climático (ECCC), Ministerio de Empleo y Desarrollo Social (ESDC), Servicio Forestal Canadiense (CFS), Ministerio de Patrimonio Canadiense, Federación Canadiense de Agricultura (CFA), Cámara de Comercio de Canadá (CanCham) y TransCanada Pipelines Ltd.